ونظراً لأن التسویة يتم إستكمالها من خلال حسابات المشارکین المودعة في البنك المرکزي أو من خلال ما يطلق عليه ب"أموال البنك المرکزي"، فإن مخاطر التسوية تكاد تكون معدومة.
وأما من حيث إدارة مخاطر السيولة المحتملة بسبب إرتباط عدة أطراف في نظام التسوية ، فقد وضعت عدة آليات للحد من هذه المخاطر وهي:
توفير السيولة النقدية للمشاركين من قبل البنك المركزي "Intra-day liquidity" ، آلية تسوية المدفوعات حسب تسلسل الأهمية "queue management" ، آلية تستخدم لتسوية جميع المدفوعات العالقة نتيجة لعدم توفر السيولة لدى المشاركين وتعرف ب "gridlock resolutions" .
وأما من ناحية نظم المقاصة ، فقد وضعت آلية لوقف خصم المشاركين في هذه الأنظمة عند الوصول لسقف معين.
ومن ناحية المخاطر التشغيلية ، فيتم إحتوائها على مستويات مختلفة. فقد تم تصميم الأنظمة باستخدام فكرة " no-singlepoint of failure" ويقصد بها عدم وجود نقطة واحدة قد تؤدي لفشل النظام بأكمله.
وتشمل هذه التقنية مجموعة خوادم "حواسيب" المعالجة للنسخ المتطابق للأقراص الصلبة على مستوى تخزين البيانات وموازنة التحميل والزيادة غير المطلوبة على الشبكة المحلية.
بالإضافة إلى ذلك ، يتم تعزيز إحتواء المخاطر من خلال عمل نسخ إضافية للبيانات بشكل دوري وفقاً للإجراءات المتبعة في البنك المركزي .
وكذلك وجود تجهيزات لإدارة حالات الطوارئ والتي يتم اختبارها من وقت لآخر.
إن "مبادئ البنية التحتية لأسواق المال" هي الحد الأدنى من المعايير التي يتبعها البنك المركزي لإدارة المخاطر المتعلقة بنظم المدفوعات. وتخضع نظم المدفوعات أيضا للتقييم من وقت لآخر من قبل صندوق النقد الدولي في إطار "برنامجه لتقييم القطاع المالي" أو تقييم دول مجلس التعاون الخليجي برعاية صندوق النقد الدولي.