حرصاً منه على سير العمل وأداء مختلف المهام بكفاءة وفعالية، قام البنك المركزي العماني باعتماد الهيكل التنظيمي التالي: تتولى الدوائر المختلفة تنفيذ مهام ووظائف البنك كما هو موضح في خارطة الهيكل التنظيمي. وتنحصر مهام هذه الدوائر في ثلاث مجالات محددة في الهيكل التنظيمي، وهي الرقابة والتوجيه، والاستقرار النقدي والمالي (مثال: الاستثمار والخزينة)، وخدمات الدعم.